Au 1er janvier 2016, le passage programmé de 22 à 13 Régions et la création de la nouvelle région Bourgogne Franche-Comté ont rendu nécessaire la réorganisation de l’UNSA au niveau régional avec la création d’une Union Régionale Interprofessionnelle de l’UNSA en Bourgogne-Franche-Comté.

L’Union Régionale s’est fixée comme objet de développer et de promouvoir l’activité de l’UNSA au niveau de la nouvelle région Bourgogne Franche-Comté, elle est composée de plusieurs instances de dialogue et de concertation : un secrétariat régional (équipe exécutive), un bureau régional et d’un Conseil régional (qui représentent les différents pôles d’activités et les syndicats UNSA présents en Bourgogne-Franche-Comté). 

L’Union Régionale interprofessionnelle de l’UNSA en Bourgogne-Franche-Comté est présidée bénévolement par Stéphane Matthey (représentant du personnel au Conseil régional de Bourgogne-Franche-Comté).